O Mountain Bike BH possui três órgãos responsáveis pela administração: a Assembléia Geral; a Diretoria Executiva e o Conselho Fiscal e Consultivo. A Diretoria Executiva é responsável pela representação legal da entidade e traçar diretrizes políticas e técnicas da Associação, aprovar e implementar projetos e ações, elaborar e executar orçamento da entidade e cuidar da administração financeira e contábil. O Conselho Fiscal e Consultivo tem a função de realizar a fiscalização contábil-financeira e política das ações da Associação. Esse órgão tem poderes para suspender ou revogar atos da Diretoria Executiva. A Assembléia Geral é o órgão soberano da Associação constituído pelos associados que estejam em no pleno exercício dos direitos previstos no estatuto.